2009年7月

2009.07.31(Fri)

昨日、更新書くだけ書いて、アップロードするの忘れてたぜ…
今朝出勤してから気付いた。
最近多いな、このパターン。
さて本日のわたくしは、特定のユニットのデータに対してRのスクリプトをバッチ処理するための、HTAインターフェースなどをつくっておりました。
こんなカンジ↓
[スクリーンショット]
まあデータのルートディレクトリを指定すると、その内部構造を読んで、存在するユニットの選択肢をプルダウンで選択できるようにするだけなんですが。
細かいところにこだわっていたらけっこう時間くってしまいました。
テキストエリアでのエンター時の挙動とか、プルダウンのデフォルト選択肢とか。
わたしの実験では記録中に一回オフラインにして、ルーチンの解析をかける必要がある（予定な）もので。
いちいちRを起動せずに、バッチ処理を実行できるGUIインターフェースがあるといいかな、と。
これ自体はHTAファイル単体で動く、たった5KBの単純なアプリケーションだし。
ユニットのIDを選択してスクリプトに渡すだけだから、わたし以外のひとも利用できますからね。
# 解析にR使うの、わたしだけだけどな(´・ω・｀)
[スクリーンショット]
しかしこういう「ちょっと便利な仕組み」をつくる作業って、なんでこんなに楽しいんだろうか。
労力のわりに、それで便利になる内容はたいしたモンじゃなかったりするんだけど。
でも、それを構築する作業自体が楽しいのよね。
なんか「自分のもってる能力を実用のために効果的に行使してる」感があって。
あ、それから、今日は本学にDaeyeol Lee氏がいらっしゃいまして。
1時間半の講演をしていただきました。
国際生理学会で京都にいらしたついでということで。
講演の内容は、たいへんためになるものでした。
Lee先生は、いまはサルをつかったバリバリの電気生理学をやっていらっしゃいますが、もともとは経済学の畑のかたです。
（もちろん、それ以外にも理論やイメージングなど多数。。。）
そのため論文のなかではちょこちょこ経済学の「高尚な」概念が登場し、わたしのような「似非」凡人には理解がむずかしかったりするのですが。
トークの内容はとても分かりやすかったです。
ややこしい部分はざっくり飛ばしたり、逐一卑近な例で説明してくださったり、聴衆に「ちゃんと聞かせる」講演でした。
早口だというウワサを聞いていたので警戒していましたが、（たしかに多少早めではあるけど）英語の発音がものすごく良くってぜんぜん気にならないし。
スライドも見やすく整っていて、分かりやすかったです。
（そもそもLeeさんのトコの論文は、グラフや模式図が整っててキレイだよね。）
明日は「7時過ぎにタクシーでホテルを出る」とかおっしゃっていたそうで。
多忙のなかわざわざありがとうございました。

2009.07.30(Thu)

昨日Rjpwikiで知りましたが、sendmailRなるパッケージが登場したそうですね。
7月21日にpublishされたばっかりで、まだRguiからのインストールリストには入ってませんが。
CRANのほうにはバイナリパッケージがあがってます。
いまのところすぐ使いたい要件はとくに無いので、わたしは試してませんが。
リストに入ったらインストールしてみよう。
神経活動のグラフ化みたいな長い計算の進展状況を、定期的にケータイにメールする、とか簡単にできたら便利かもしれませんね。

2009.07.29(Wed)

もう7月も終わりなのかぁ…。
なにもかも進んでねぇなあ。
だる
うだ

2009.07.28(Tue)

昨日に引き続き、Emacsのはなし。
Emacsで.Rファイルを開くと、ESS同伴パッケージでインストールしたおかげか、勝手にS・R向けプログラミングエディタモードになります。
制御系文字（if・forなど）や特殊な定数（TRUE・FALSEなど）を色付けしてくれるので、なかなか便利なのですが。
このモード、デフォルトではタブが半角スペースで入るということに気が付きました。
わたしは、プログラムのインデントは、半角スペースではなくタブで入れる派です。
半角スペースだと、細かくインデントの大きさを調節したりできるというのはまあ分るんですが。
別にインデントって、1文字分区切りで細かく調節したいものでもないし。
半角スペースで入れたインデントって、消そうとした時にバックスペース1発で消えないので、ストレスなのです。
そういえばMatlabのエディタも、インデントを半角スペースで入れやがるうえ、意味不明の気を利かせてくれるので、散々イラついた記憶があるな。
一般的には
「タブより半角スペース推奨」
みたいな空気も感じなくもないですが、ともかくわたしはタブ派。
ということで、ファッ○ン半角スペースによるインデントをやめて、タブでインデントが入るように.emacsファイルをいじってみました。
こんな情報ネットにごまんとあるので、べつに載せる意味はないんですが。
例によって、自身の備忘のためです。 
;ユーザホームディレクトリ内の.emacsファイルの内容

;言語環境を日本語に設定
(set-language-environment "Japanese")
;ESSをロード
(require 'ess-site)
;デフォルトのタブモードを「タブ」に設定
(setq-default indent-tabs-mode t)
;Rファイル編集中のタブモードを「タブ」にし、見た目は4文字分下げる。
(add-hook 'ess-mode-hook '(lambda () (setq tab-width 4)(setq indent-tabs-mode t)))

2009.07.27(Mon)

「早くやろう、早くやろう」と思っていたのですが、やっとこさEmacs＆ESS環境を整えました。
Emacsをちゃんと使うのは、学部のときの情報実習以来です。
学部のときは
「LinuxでCのプログラミングするために、仕方なくよく知らんエディタ使わせられる」
みたいなノリだったので、キーとか全然覚えなくて、まったく活用してませんでしたが。
（まだプログラミングにはじめて触れたぐらいの坊やだったんです。笑って許してください。）
といって、いまもキーはまだぜんぜん覚えられてはいませんが。
簡単な移動と一行消去などだけでも、やはり快適だと感じます。
とくに移動系に関しては、十字キーの押し間違いが少なくなり、かなりストレスが減った気がする。
工人舎のキーボードは変則キー配置なので、十字キーを押そうとしてリターンやアプリケーションキーを押してしまうことがよくあったのです。
EmacsのC+fやC+bといった移動キーは、キーボード上から手の位置を変えずにできるので、らくちんですね。
# 言い古されたことですが。大切なことなので二度言いますた。
ちなみにESSのほうはというと、いまのところあんまり活用はできてません。
普通のRと操作が違うので…
コマンド履歴の呼び出しが[↑]キーではなくM+pだったり、現在の行以外にも書き込みはできちゃったり。（まあ基本はエディタなので当然か…）
こっちの活用法は、おいおい研究していくことにしよう。

2009.07.26(Sun)

今朝出勤すると、昨日わたしが研究室を出た時点でまだ残っていた先輩が、すでにいる…
ありゃりゃと思ったら、やっぱり徹夜。
今日が統合脳の夏の班会議の抄録締め切りということで、そこで発表するための「何か」を探す作業をされていたそうです。
(；-д-)うわぁ
結局「何か」がみつかったかどうかは、ヒミツ。

2009.07.25(Sat)

なんか最近、ひどい雨ですね。
関西だけ？
湿度843%ぐらいあるんじゃないかといういきおいです。
テレビ見ないんでよく知らないですが、土石流で被害が出たりしているそうで。
なんか、梅雨というより、亜熱帯ってカンジ？
あ、ちなみ生理研のトレーニングコースは、いちおう行くことになりそうです。
とりあえずビジネスホテルを予約しました。
1泊4500円って、まあ相場なんだろうけど、4泊で2万弱か…
痛ぇ(´д｀)

2009.07.24(Fri)

8月にある生理研のトレーニングコースに応募していたのですが、このたび選考に通りまして。
4泊5日で実験手技を習いにいってきます。
が。
問題は、宿泊施設がない。
最寄りのビジネスホテルが、トレーニングコースの期間、きれいに埋まりまくっているのです。
さて、どうしたものか…

2009.07.23(Thu)

昨日、ウチのラボで使ってる実験システムのはなしを書きましたが。
このシステムにはごっついマニュアルが付属しておりまして、そのコピーを整理するために、一昨日こんなものを買いました。
→カール ゲージパンチ カール事務器
この商品、溝にあわせてずらしながらパンチすることで、普通のA4用紙に30穴バインダー規格の穴をあけられるというすぐれものなのですが。
1回に6個も穴をあけるので、コピー紙4枚でもなかなかの手ごたえ。
しかもコピーしたマニュアルは何百ページとあるので、結局全部に穴をあけて整理し終えるのに、一昨日の午前をまるまる費やしてしまいました。
そして…今日…
：
：
：
右腕がすげぇ筋肉痛です(涙)

2009.07.22(Wed)

なんか今日は日食の日だったんですか？
そういえばちょっと前に、日食がどうとかいうニュースをみたような。
まったくもって忘れてました。
でも天気悪かったし、期待して待ってた人も、あんまし見れなかったんじゃないかな？
ご愁傷様です。
ときにわたくし、最近は行動課題の制御およびデータ取得に使っているシステムの勉強をしていたのですが。
その合間に、（まだ自分自身では何のデータも持ってないのに）神経活動解析のためのRプログラム制作もしておりまして。
# 趣味です。
本日ふと思い立って、これまでつくった神経活動解析用関数のパッケージ化に挑戦してみました。
関数をパッケージにしとくと、ドキュメンテーションを一緒に管理できたり、読み込みが簡単だったり、いろいろメリットがあるのです。
ただわたしは日常的にはWindows環境なので、cやperlのビルドまわりを整えるのが面倒で、これまで自作関数のパッケージ化はしたことがありませんでした。
c言語もperlも使っちゃいるので、コンパイラ自体はPC内に入ってるのですがね。
Rのパッケージ作成ユーティリティにちゃんと認識してもらえるようにしたりするのが、ちょっとややこしいのです。
（ちなみにコンパイルが日常的作業であるUnix環境では、このへんのコンパイラはデフォルトで入ってます。）
ということで、いままで二の足を踏んでいたワケですが。
今日やってみると、なんとも以外にすんなり。
ていうか、Rのパッケージ作成に必要なコンパイラの類をまとめたRtoolsなるソフトがあることが発覚しまして。
これで基本環境は簡単に整っちゃうのです。
環境変数設定したりするのが、慣れない人にはちょっとめんどいかもしれないけれど。
HTML Help Workshop（ヘルプをつくるためのソフト）なんかもフツーにWindowsインストーラでインストールするだけだし。
基本的には簡単でした。
んで、あとはRのbuilt-inであるpackage.skeleton()で「殻」をつくって、中身を書き換えていくだけ。
正しく分かりやすい形式でドキュメンテーション書くのはそれなりにたいへんな作業ではありますが。
自作関数のためのヘルプファイルが整っていく過程は、以外にウキウキで苦になりません。 #自己満足
こんなに簡単にパッケージってつくれるんだな～。
ドキュメント整えるのと同時に、パッケージ化する前提で既にある関数の実装を見直したりしていかなきゃ。
お(・ω・)なんか元気出てきたぞ。
このへんの作業の方法も、そのうち【技術部】にまとめたいなぁ。
# 宿題が増えていく…

2009.07.21(Tue)

また雷鳴ってるな～。
地球はどうなってるんだ。
もう梅雨も明けてきてるんじゃないの？
このひどい天気のなか、テストだからサボれずに学校来てる学部生もたいへんだな…
え、テストでもないのに学校来てる院生は？
そりゃたいへんですが、なにか。
あ、すいません業務連絡。
例の本ですが、まだ発送してません。
歌舞伎揚げよりも湿度に弱いわたくしですので、梱包作業する気がまったく起きないもんで。

2009.07.20(Mon)

研究室を出たとたんに雨に降られ、雷まで鳴り始めた管理人ですよこんばんわ。
なんだこの呪い。
もういま止んでるし。
ていうか梅雨の雨って「しとしと」降るものじゃなかったっけ？
昨日もスコールみたいな雨降ってたけど。
デリダ豪雨

2009.07.19(Sun)

明日ってなんか休みの日なんですか。
ウミウシの日～
生協開かないと不便なんですけど～。

2009.07.18(Sat)

今日は佐川急便の荷物待ちだったので、しょーがなく昼から出勤した管理人です、こんばんわ。
ぜいたくな要求なのは百も承知のうえで、ひとりごとですが…
もうちょっと早い配達時間の選択肢とかあるといいなぁ…
「午前中」て。
なんで午後は2時間刻みで選択できるのに、午前中はひとまとめですか。
午前も午後も、ひとしく1日の半分ですよ？
はてさてそれで、何の本を買ったのかというと。
こちらです↓
"Origins of Neuroscience: A History of Explorations into Brain Function" (著) Stanley Finger
わたしはだいだい、いつも、本は生協の書籍部で買うんですが。
10%引きだし。
ただ洋書に関しては、注文の仕方や、届くまでどのくらいかかるのか、あるいは為替に依存して値段がどう変動するのかとか、ぜんぜん分からないので。
めんどくさいからAmazon先生にお願いしてしまいました。
この本はタイトルどおり、「神経科学・脳科学史」がテーマの本で、前々から気になっていた本です。
なかなかこのサイズの本を読みきる時間が無いので、これまで購入は躊躇していたのですが。
このたび、単に書籍本体が欲しいということ以外に、本書を買う理由ができまして。
それは、
「この本が送られてくるときに入ってくる、ダンボール箱が欲しい」
のです。
というのもちょうど手元にある、この本と同じサイズの洋書を、ひとに送る必要がありまして。
梱包であれこれ悩むのもめんどうだったので、
「同じサイズの本をAmazonで買って、送られてきたダンボール使えばいんじゃね？」
というナイスあいでーあを思いついたのです。
ということで業務連絡。
例の本は来週あたまにでも発送します。

2009.07.17(Fri)

なんか世はテスト期間らしく、すげえ数ひとがいるんですが。
こういうひとたちって、テスト以外のとき何やって過ごしてるの？
謎だ。
亜空間かな…(´・ω・｀)

2009.07.16(Thu)

ここ数日、プログラミング・読書・読論文という3種類の行動のみで過ごしている管理人です、こんばんわ。
今日は理研BSIの藤井直敬さんの『つながる脳』を読み終わりました。
(・д・)お？
最近、いい調子で積読本を消化してるな。
まあまだまだ恐ろしい量積まれてるけど。
ていうか本は消化しても、本のレビューがどんどん積まれていってるような…
【書籍部】を更新
『ミラーニューロン』 (著) ジャコモ・リゾラッティ，コラド・シニガリア

2009.07.15(Wed)

えー、7月ももう半ば～？
認めらんねー(´д｀)

2009.07.14(Tue)

なつ
あつ

2009.07.13(Mon)

ふすたーしうりょー。
どんどんぱー。
本日はわたしらM1がやってた、Fuster講義のテストの日でありまして。
受験された学部・院のみなさま、お疲れ様でした。
さすがにあたしたちはテスト免除されて、受けてませんが。
問題みせてもらった限りでは、まあ予想通り、教科書の内容そのものとはかなり離れた設問でしたねー。
問題作ったのはわれわれではなく先生なので、授業内容と一致しないテストに文句があるかたは先生のほうへどうぞ。
いやーしかし、教科書の内容にそって神経解剖とか線維連絡とか真面目に勉強されていた皆様におかれましては、ホントにお疲れ様でした。
でもあたし、授業のときに
「こういう細かい知識を聞くような問題はきっとテストには出ないので、いちいち覚えなくていいよ。」
ってちゃんと言っておいたでしょ？
まあ勉強したらしたで、その努力はのちのちさらに勉強していくうえで決してムダにはなりませんから、財産をつくったと思ってくださいな。
ちなみにウチの教授、先週の最終授業終わった段階では、われわれM1にもテスト受けさせようとしてたんだから、笑うよな～。
授業をしていた人間が、授業内容の理解についてテストされる必要がある、という考えがまったく分かりません。
最終的には、さんざん口ごたえした熱意が伝わり、免除になりましたけどね。
ということで、半期間のまとめ。
ただ働きなんてするもんじゃない。

2009.07.12(Sun)

世間様は日曜日とのことで、お慶び申し上げます。
あたしはフツーに出勤ですが。
まあ、論文読みとかはかどるし、好きで行くんだけど。
日曜の（とくに午前中の）大学の静かさは、なかなか乙なものですよ。
うわ、なんだろうこの負け惜しみ感。

2009.07.11(Sat)

今日はナショナル・バイオリソース・プロジェクトの講習会がありまして。
ちょっと大阪まで行ってきました。
講習といっても2～3時間のあいだ、動物の取り扱いのビデオをみたり、実験動物関連の法律の説明を聞いたりしただけですが。
この講習に出て免許をもらっとかないと、バイオリソースから供給を受けられないのです。
で、これに関して、土曜がつぶれるなんてことは別に気にもならないんですが。
（どうせ土日もフツーに出勤してるしね。）
問題は場所ですよ。
大阪て。
大阪なんて平日ですら行きたくないのに、よりにもよって休日ですよ。
なんかすげー人多かった。
そもそもわたしは大阪という地域があまり好きではなくて。
あんなところに、フォッサマグナよりも東からきた人間が足を踏み込んだ日には、通行人全員からたこ焼きを投げつけられるに決まっています。
そしてうどんをあたまからかけられて、
「関東の醤油みたいな汁のうどんなんか、食えるかボケェッ!!!!」
ってされるに決まっているのです。
こえー、大阪こえー。
今日も大阪環状線に乗っていたら、車内アナウンスで、
この電車は～、大阪環状線外回りです。
次は～、天満～
次は～、天満です。
車掌は～、河合です。
本日は～、晴天です。
実家は～、神戸です。
たこ焼きには～、マヨネーズです。
って言った瞬間に、わたし以外の乗客全員が
「なんでやねんっっ!!!!」
って。
すげー、大阪人すげー。
さすがは新喜劇で笑えるひとたちだ。。。
いやウソです。
まあ、こんなこと考えながら車内でにやけてたら、前にいたガキと目が合って、
「なんだこいつ」
みたいな顔されたけどな。
あ、これはホント。

2009.07.10(Fri)

ぎゃあぁぁぁー。
バーボンが切れてるぅー!!!!
生きていけねー(´д｀)

2009.07.09(Thu)

あーつーいー。
むーりー。
まあもう7月だし、暑いのも仕方ないんですが。
でも梅雨って、もう終わったの？
まだ？
なんかもはや30℃超えとか、35℃近くとか、あたりまえみたいなカンジになってきてますよね。
でもいくらなんでも、まだ「真夏」ではないだろー。
真夏日自重ー。

2009.07.08(Wed)

スパゲッティ=ペペロンチーノの『鏡神経細胞』よみおわりますた。
ちかぢかレビューします。
あと全然別件ですが、7月末に理研のサマープログラムと国際生理学会のために来日するDaeyeol Lee氏が、ウチでもしゃべってくださるそうで。
おお、楽しみだ。
どのハナシするのかな…。

2009.07.07(Tue)

「快速特急『こと座』行きが人身事故のため大幅に遅延して、織姫と彦星が逢えませんように…(‐人‐)」

2009.07.06(Mon)

下宿から大学までの道のりの途中にある民家に、七夕飾りがかざってありまして。
そのササに、「明らかに小学生が書きました」ってカンジの汚い字の、こんな短冊が↓
「みんなが元気でいれますように」
(；；°Д°)ぎゃあああああぁぁぁぁぁーーーー!!!!!!
疲れ切った大人には、そういう清いこころ系のヤツは大ダメージなんですがぁぁ。
アンデット系のモンスターには、ケアルでダメージが入るのと同じ理屈で。
こうかは　ばつぐんだ

2009.07.05(Sun)

あまりに服のローテーションがギリギリなのでUNIQLOに行ってきたのに、黒いシャツがなくなっていた件～。
肌着もシャツも、白っぽいのばっかりだった。
なぜだー。 #夏だからです、たぶん
そうそう、黒といえば。
PanasonicのLet's Noteシリーズに、ブラックモデルが登場したそうです。
→09夏ブラックモデル 台数限定で登場
(；゜Д゜)ノ かっ買います10台買いますっ!!
(；゜д゜)ハッ ←我に返った
いやー、お金があったら買うんだけどな。
先立つものがないと、どーしよーもないであります。
それにしてもブラックモデルいいな。
なんで最初っから、シルバーとかいう聞いたこともないような色じゃなくて、全部ブラックにしないんだろ…
（じつはこれまでも、何度か数量限定のブラックモデル出荷はあったんですけどね。）
あとどうでもいいけど、「Panasonicの」Let's Noteっていうと、かなり違和感あるな。
Let's Noteは「松下」でしょ。
まあ「松下電器」時代から、Let's Noteの天板には「Panasonic」って入ってたんだけど。

2009.07.04(Sat)

あ、なんか構内にひとが居ないと思ったら、土曜か今日。
てか登校時に、研究室の入ってる棟の鍵がかかっていた時点で気付きたい。
（土日は電子錠が施錠されてるのです。）
それにしても、最近、もうセミが鳴いてますね。
まあこんだけ暑けりゃ、セミが鳴いててもおかしくはないんだけど。
でもここ数日は多少涼しめだったし、はやまって出てきちゃったセミはちょっと慌てんぼうかも。
もう少し亜空間にいても良かったんじゃないかな。

2009.07.03(Fri)

生協で「やきそば弁当」が売っていたので、思わず買ってしまいました。
[写真]
説明しよう!!
「やきそば弁当」とは、知る人ぞ知る、北海道におけるカップやきそばのエースなのです!!!
北海道における「ペヤング」的立ち位置というか。
フタに書いてあるとおり「やきそば弁当」は、麺のもどし汁を添付のスープのもとに注ぐことで中華スープができあがるという、画期的システムを搭載したカップやきそばです。
北海道に居たころは、カップやきそばといえばコレを食べていました。
北海道以外でみたことなかったのですが、実に5年ぶり(？)にみつけました。
そういえば、なぜかインスタントやきそばって地方性がありますよね。
実家にいたころは「ペヤングソースやきそば」がオンリーワンだと思ってたんですが。
コレも関西ではなかなか売ってません。
最近「関東では高シェアのカップやきそば！」的な「めずらしいもの」として、ちょくちょく売られてるのをみかけますけど。
「ペヤング」も「やきそば弁当」も売ってないんだったら、関西人は突如やきそばが食べたくなったとき、どうしてんろう？
UFO？一平ちゃん？なんだそれ、はなしにならん。
考えてみれば、わたしは「ペヤング」も「やきそば弁当」も好きだけど、どっちも麺が細っちょろいカンジだよな。
あとソースが、粉末じゃなくて液体ソースだ。
わたしの好きな袋麺のやきそばで「やきっぺ」というのがあるんですが、これも液体ソースだな。
（「やきっぺ」も北海道限定のインスタントやきそばです。コストパフォーマンスがいいので、よくこれ食ってたわ。）
どれもソースが多少甘めな気もする。
あ、たいへんだ。
こんなハナシしてたらやきそばが食べたくなってきた。
なんで「ペヤング」も「やきそば弁当」も「やきっぺ」も、全国展開しないのかね。
やっぱ地方ごとの厳しいニッチとか、あるんでしょうか。
ちなみに、読んでるひとが気になってるかもしれないので一応触れておきますが。
「やきそば弁当」という名前の由来は、なぞです。
なんで「弁当」？
あたしも始めてみたときは、なんか違和感があった記憶があるのですが。
もはやまったくひっかからないな。

2009.07.02(Thu)

今日は最近出会った論文に関して、内容以外のところでちょっとしたハナシを。
そんなのよりとっとと【ジャーナルクラ部】更新しろ？
(∩゜Д゜)アーアー キコエナーイ

ベクターデータ

最近の電子ジャーナルのPDFでは、グラフや模式図などの線画はほとんどベクタ形式で描かれていますよね。
まあ線や点でできた図なら、ベクタのほうが絶対的にキレイ＆拡大に強いですし。
データ量としても、普通の線画であればたいていベクタデータのほうがコンパクトになります。
しかし先日、この常識を覆す論文に出会いました。
Peyrache et al. Replay of rule-learning related neural patterns in the prefrontal cortex during sleep.
いや、正確にいうとこの論文のSupplementなのですが。
論文の内容自体は、Slow-wave sleep中のラットの内側前頭前領域からニューロンをマルチ記録して、睡眠中における学習の固定の神経メカニズムを調べる、みたいなもの。
わたし自信、じつはこの話題にはあんまり興味はありません。
解析において、ユニットの分離のために主成分分析を使っているというハナシを聞き、読んでみようと思っただけです。
んで、問題のSupplementですが。
15ページ目に、恐ろしい重さの波形グラフ＆散布図がありまして。
なんか膨大な数のデータ点をプロットしているらしく、PDFを開く時点で、Adobeが牛歩戦術のように「とろく」なります。
研究室で使ってる貧弱な我がKOHJINSHAなんて、突如熱風を排気しながらうなり声をあげ始めます。
開くのに時間がかかるだけならまだしも、ベクタデータであるがゆえ、印刷時にプリンタ内でプロセシングが行なわれるわけで。
結果、ウチの研究室のプリンタはフリーズしました。
もともとのPDFのファイルサイズがせいぜい9MBとかなのに、プリントジョブ上のサイズは36MBとかになってましたからね。
おそろしい。。。
このように、一般的に線画ではサイズが小さくなるといっても、膨大な数のパーツが重ね重ね描かれているデータだと、見た目に反してデータサイズはものすごいことになります。
こういう場合、本当はラスタデータに落としてからPDF化するなどの方法をとるべきなのですが。
（だって完全に重なりまくって分離できないデータ点を、別のパーツとして全部描画する意味ないでしょ？）
NatureでもこんなPDF上げちゃったりするのね…
ていうかわたしが知らないだけで、こういう不適切なベクタデータを載せてる電子ジャーナルってけっこうあったりするのかな。
「ベクタはデータを正確に表示できるから、どんなときにも可能である限りベクタ表示で」ってのは、基本スタンスとしては大賛成なんだけど。
でも10億dpiのスキャナとか、いらないでしょ？
それと同じように、無駄なパーツを描きまくったベクタ画像も、良くないんじゃないかな～。
ということで、この論文を読もうと（刷ろうと）されているかた。
上記のとおり、Supplementをそのまま印刷すると、プリンタが頓死する可能性があります。
なのでSupplementの15ページだけはPDFから直接刷らず、いったんbmpやpngとして吐き出してから、OSのウィザードや画像処理ソフトを使って刷ってください。
Adobe Acrobatがあれば、[ファイル]から画像で出力できますので。
Adobe Readerのかたは、スクリーンキャプチャか[スナップショットツール]でクリップボードにコピーして、それをペイント等に貼り付け、保存してください。
ストップ・ザ・プリンタ頓死
（追記：キャプチャとかしなくても、よく考えたらPDF印刷の[詳細設定]から[画像として印刷]でできますね。）

立体円グラフ

本日もう1個のテーマは、立体円グラフです。
こちらは最新のJNPなのですが。
Takahashi et al. A Code for Spatial Alternation During Fixation in Rat Hippocampal CA1 Neurons.
561ページのFig.9で、得られたユニットの活動傾向の割合を表わすのに、立体化された円グラフが用いられています。
これは比較的よく知られたことですが（少なくともわたしはそう思っていた）、立体円グラフはある意味で視覚をだまします。
というのも、同じ割合を表わしたデータでも、それがグラフの手前側にくるか奥にくるかで、見るひとが受ける印象が変わってしまうのです。
これを悪用すれば、たとえばあまり大きな割合だと思わせたくない場合、その群が立体円グラフの奥にいくようにする、などといったことも可能です。
プレゼンの見栄えのために使うということはあっても、学術論文に載せるデータ提示方法としては、どうかな～。
少なくともわたしは、かなり違和感＆不適切感をおぼえました。
もっといえば立体でなくても、円グラフ・棒グラフ・ベン図など、一次データの大きさを面積で見せてしまうグラフは、データの表示方法として適切ではありません。
あくまで個人的な意見ですが。
少なくともベン図は、ぱっと見で認識される大きさと、実際の数値的割合が一致しないということが知られていますし。
棒グラフに関しても、本来は棒の背の高さでデータの大きさを表わしているハズなのに、その棒が下手に面積をもっているせいで、棒の色や視覚効果によっては適切な数値関係の認識を妨げます。
こういったことって、あまり気にせず、「とりあえず」で棒グラフや円グラフを使うひとはかなり多いのですが…
せっかく自分が得たデータをひとに見てもらうのだから、その見せ方にももっと注意が払われてしかるべきだと思います。

ちなみに

2つ目に上げた論文でも、1つ目と同様、かなり重たい散布図が載ってたりします。
（件の立体円グラフと同じあたりのページです。）
こちらはプリンタが止まるほどではありませんが。
やっぱこの密度の点を、わざわざ全部描画するのはムダですな。
「ちなみ」ついでにもう1個ちなむと。
「なんでもかんでもベクタのままで」が一般的になりつつあるこのご時世において、我が研究室の投稿論文の画像はすべてラスタ画像です。
しかもbmpで出力した画像を、わざわざIllustratorに貼り込んでai形式にして投稿するという。
だせー、うわだせー。
まあ投稿規定上「しょーがなく」やってるなら、まだいいんですが。
なんと「ai形式にするだけで、ラスタ画像がなぜかより高画質になる」と考えているひとまでいるというwwwww
なにそれ、魔法？(笑)
イラレにラスタ画像貼り付けても、ラスタライズの設定如何で圧縮されることはあっても、キレイになるわけないって。
「ビデオテープに録画した映画を、ブルーレイにダビングしたら高画質になる」と信じているようなもんです。
そりゃねえよ。
しかし現状では、そもそもベクタとラスタの画像形式の違いもよく分かっていない（と思われる）ひとも少なからずいたり。
う～ん、常識的にいって、それはちょっと恥ずかしいぞ。
そのうちこういうハナシをまとめて、なんか単発ゼミ的なものでもしようかな…

2009.07.01(Wed)

昨日書いた時点では意識してなかったけど、6月が終わると同時に、2009年の前半が終了したワケなんですね。
はえー。
ついこないだ年末年始で、微風邪ひいて寝正月したような気がするが。
てかこの半年間、あたしはなにか成長したのか…
Fuster読んだ以外に主だった記憶がない。。。
ちなみに電気生理方法論＆研究計画ですが。
オーディエンスのみなさんから、意外にいろいろ質問や意見をいただきました。
多少は興味をもって聞いていただけたようで、なによりです。
運動科学や健康科学といった分野の学生ばかりの場だったので、認知神経科学の話題がどう受け止められるのか不安だったのですが。
発表の場の雰囲気が比較的打ち解けたカンジになってくれていたのが、かなり大きいかな。
やはり聴講者の絶対的な興味云々といったものより、その場にいる全員が（専門や前知識に関係なく）参加できる雰囲気というのが、議論の場では重要なのだなぁと体感しました。
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